地上に迫り始めた永遠の闇（グレイテスト・エクリップス）を阻止しようとする星矢と一輝。瞬の肉体から本体を現したハーデスを倒そうとして、星矢と一輝はあえなく氷地獄へ堕ちる。そしてシャカとアテナがハーデスの前に姿を現した…。

世界に再び平和が訪れた春の宵、ギリシア聖域でアテナが休息をとる、まさに同じ時、冥王ハーデスが地上を支配しようと百八つの魔星とともに甦った！　その目的はただ一つ、アテナの首！　しかもアテナの首を狙う冥闘士の中には、かつての黄金聖闘士が！　新たなる聖戦が始まった…！

世界の大海を支える七本の柱、その柱を守る海闘士たちとの闘いは続く。最愛の人に化けるリュムナデスを苦戦のすえ撃破。だがポセイドンと対峙した時は星矢たちはすでに満身創痍となり、アテナの小宇宙もついに途絶えてしまった…。

聖闘士全員アテナにいたるまで、今度の聖戦では死を覚悟していた。そんな中、ついに童虎とシオンの壮絶な闘いが始まる。小宇宙同士のぶつかり合いの結末は？　童虎とシオンの小宇宙が消えたその時、復活したハーデス軍・百八つの魔星！　その冥闘士の中に、かつての黄金聖闘士、サガ、シュラ、カミュがいた…！

星矢と瞬はオルフェと共にハーデスの首をとるために地獄の最終地点・ジュデッカまで辿り着く。だが突如、瞬がハーデスに人変わりした！　そして遂にフェニックス一輝が現れる！　ハーデスの魂が宿った瞬に迫る一輝。永遠の闇（グレイテスト・エクリップス）が地上に来ようとしていた…。

ポセイドンから送られた黄金聖衣も、タナトスの前では無力だった…。だが女神の血によって聖衣に異変が。灰と化した青銅聖衣が神衣となって甦ったのだ！　タナトス、ヒュプノスを倒し、遂にハーデスとの闘いへ！　完結巻！

黄金聖闘士相手に、死闘を続ける星矢たち――。紫龍は最後の絶対無比の技‘亢龍覇’を使い、シュラと共に天空の塵となり、氷河はカミュとの死闘の末、共に果てる。一方、星矢と瞬は身の危険を感じつつも双魚宮へ。そこにはアフロディーテが。星矢、ついに教皇と対峙の時が迫る！

星矢の持つ射手座の矢がポセイドンに向けられた。だがその矢は逆に星矢を射抜く！　女神を救うにはもはや時間がない。星矢が力尽きかけた時、女神の愛が奇蹟をもたらした。海皇ポセイドンはアテナの壺に戻り、ふたたび世界に平和が訪れる。

復活したハーデス。その冥闘士の中のかつての黄金聖闘士、サガ・シュラ・カミュと対決するシャカ。自らの死を覚悟するかのように、遂にシャカは沙羅双樹の下で果てた。そしてその時、女神はある決心をする。サガたち三人をアテナ神殿まで呼び寄せ、女神は自ら喉を突いた！

星矢與瞬在歐路菲的協助下， 順利來到了猶大環。 本以為是暗殺黑帝斯的絕佳時機， 卻沒想到三巨頭齊聚一堂！ 就在此時， 從未在他人面前露臉的黑帝斯現身了！ 更驚人的是，他的面貌竟和瞬一模一樣!?